O mundo de Elétria foi destroçado e transformado em muitas ilhas diferentes e os seus habitantes encontram-se agora separados por vastos mares. Mario e o Luigi, os heróis com um forte laço fraternal, partem numa aventura para voltarem a ligar as ilhas, desvendar a causa da catástrofe e salvar a situação. Aproveitando as correntes, atravessarás o oceano e encontrarás várias ilhas com novas personagens para conhecer e locais para explorar.
Prepara-te para zarpar!