Em nota, a Universidade da Madeira explica que "o CNIPES é um órgão independente e colegial, com funções consultivas, dotado de autonomia administrativa, que atua junto do Ministério da Educação, Ciência e Inovação, sob a tutela de Fernando Alexandre".

Na mesma nota é explicado que "este órgão, que integra vinte e cinco especialistas nacionais e estrangeiros, tem por missão promover a inovação e a formação pedagógicas como dimensões essenciais do espaço de educação superior, visando a excelência no espaço nacional de educação superior e o sucesso e bem-estar das comunidades académicas em Portugal".

De referir que ao CNIPES compete, a articulação entre centros de excelência de inovação pedagógica, a participação no diálogo entre os agentes e os atores da educação superior; a auscultação aos agentes e aos atores da educação superior, e a elaboração de propostas, estudos, pareceres, recomendações e orientações para o desenvolvimento da inovação pedagógica.