O cenário do jogo é o mesmo de Pokémon Diamond e Pokémon Pearl: a região de Sinnoh. Mas esta história decorre numa era passada, antes de ideias como ser um treinador de Pokémon ou ter uma Liga Pokémon existiam sequer. Lá encontrarás Pokémon a viverem em ambientes hostis, o que faz de Sinnoh uma região muito diferente da que conheceste em Pokémon Diamond e Pokémon Pearl.