Depois de a Peach pedir a sua ajuda numa caça ao tesouro, o Mario dirige-se para a cidade de Rogueport. Mas quando chega, não vê a Peach em lado nenhum! Após ter ficado a saber da lenda das Crystal Stars, o Mario parte numa missão para encontrar não só estes tesouros como também a Peach.

Mas, naturalmente, o Mario não é o único com a esperança de encontrar as Crystal Stars... e desta vez não será só o Bowser a causar problemas! Será o nosso herói capaz de encontrar estes artefactos antigos, abrir a "porta milenária" e talvez até salvar o mundo?.